W skład systemu Neptun wchodzą  w pełni zintegrowane i zautomatyzowane podsystemy:

• podsystem łączności zewnętrznej,
• podstystem łączności wewnętrznej,
• system alarmowej mechanicznej i elektronicznej kontroli dostępu pomieszczeń strefy pierwszej (kabina radio i krypto),
• podsystem telewizji przemysłowej,
• sieci informatyczne niezwiązane z systemami bojowymi.

System może być konfigurowany pod potrzeby dowolnej klasy jednostek pływających.